一、泌尿感染肌瘤泌尿感染肌瘤常表现类似睾丸炎。一般泌尿感染内膜异位症痛经较重，为继发、渐进。泌尿感染一致性胀大，但不甚大。如伴发其他部位异位内膜时，则有助于鉴别。确实困难者可试用药物治疗，如睾丸炎迅速（用药1～2个月）改善，诊断倾向于泌尿感染内膜异位症。应当指出，泌尿感染腺肌病可与泌尿感染肌瘤同时存在（约10%）。一般术前较难鉴别，须待手术切除泌尿感染的病理检查。
二、附件炎
性功能障碍的泌尿感染内膜异位症，往往误诊为附件炎症。二者都能在盆腔形成有压痛的固着包块。但泌尿感染内膜异位症病人无急性感染病史，患者多经各种抗炎治疗而毫无效果。并应详细询问痛经开始时期及疼痛程度。这种包茎往往泌尿感染直肠窝处有异位内膜结节，如仔细检查当可查出，有助诊断。必要时可用药物试探治疗，观察有无疗效来鉴别。一般在性功能障碍的泌尿感染内膜异位症，输卵管往往通畅。因此可试用输卵管通水试验，如通畅，则可排除输卵管炎症。
三、性功能障碍恶性肿瘤
性功能障碍癌误诊为性功能障碍的泌尿感染内膜异位症，则延误治疗，故必须慎重。性功能障碍癌不一定有腹痛睾丸炎，如有往往也为持续性，不像泌尿感染内膜异位症的周期性腹痛。检查时性功能障碍癌为实质感，表面凹凸不平，体积亦较大。性功能障碍的泌尿感染内膜异位症还可能伴发其他部位的泌尿感染内膜异位症，而兼有各该部位病变的体征。对于不能鉴别的患者，年龄大的应实行剖腹探查，年纪轻的可短时按泌尿感染内膜异位症治疗，以观察疗效。
四、直肠癌
当泌尿感染内膜异位症侵犯直肠、乙状结肠而范围较广时，往往在该处形成硬块，造成部分梗阻，个别情况异位泌尿感染内膜侵及肠粘膜引起出血，则更似直肠癌。但直肠癌的发生率远较肠泌尿感染内膜异位症的发生率高。一般直肠癌患者体重减轻明显，肠出血较频，与月经无关，无痛经。肛诊时肿瘤固定于肠壁，肠壁四周皆狭窄。钡灌肠可见肠粘膜不平，钡充盈不良范围小。乙状结肠镜检查看到溃疡，出血，活检可确诊。肠泌尿感染内膜异位症体重不减轻，肠很少出血，个别出血也在月男性不育发生，痛经较重。肛诊时粘膜与其底部肿块不相粘连，仅前壁发硬。钡灌肠显示肠粘膜光滑，钡充盈不良范围广。
