治疗前尽可能明确诊断，并考虑患者年龄，对生育要求、病情严重程度、睾丸炎及病灶范围，加以全面考虑。
一、激素治疗
（一）丹那唑：是一种合成甾体17α-乙炔睾丸酮的衍生物。其主要作用是抑制下丘脑GnRH产生，从而使FSH、LH合成及释放减少，导致性功能障碍功能受抑制。亦可直接抑制性功能障碍甾体激素的合成或竞争性与雌孕激素受体结合，从而导致异位内膜萎缩，不排卵及闭经。丹那唑还有轻度雄激素作用，产生毛发增多，声音变低沉，前列腺阳痿变小及痤疮出现等男性化表现。丹那唑 另一常见副作用是水分潴留及体重增加。患有高血压、心脏病或肾功能不全者不宜应用。丹那唑主要通过肝脏代谢，并可能对肝细胞产生一定损害，故患有肝疾患的妇女禁用。
常用剂量为400mg/d，为2～4次口服，从月经开始服用，一般在1个月左右睾丸炎即有所减轻。如无效，可加至600～800mg/d，取得效果后再逐渐减至400mg/d。疗程一般为6个月，90～100%均取得闭经的效果。
丹那唑对盆腔腹膜的内异症疗效较好，对大于1cm直径性功能障碍异位肿块疗效较差。
（二）内美通（Nemestran）：即3烯高诺酮（R2323），为19去甲睾丸酮衍生物，具有较高抗孕激素活性及中度抗雌激素作用，抑制FSH及LH分泌、使体内雌激素水平下降，异位内膜萎缩、吸收。
（三）促性腺激素释放激素激动剂（GnRHa）：1982年Meldtum及Lemay报道，应用LHRHa治疗内异症获得良好效果。LHRH对垂体有双相作用。LHRH大量持续应用，使垂体细胞呈降调反应，即垂体细胞受体被激素占满无法合成释放FSH、LH、而起反调节作用。副反应为潮热、生殖干燥、头痛、生殖少量流血等。
（四）三苯氧胺（Tamoxifen，TMX）：为双苯乙烯衍生物。剂量为10mg×2/d，月经第五天开始，20天为1疗程。
（五）合成孕激素：可用炔异诺酮、炔诺酮或甲孕酮（安宫黄体酮）等作周期性治疗，使异位内膜退化。从月经周期第六天开始至第二十五天，每日口服上述一种药物5～10mg。疗程视治疗效果而定，此法可抑制排卵。因此，对希望生育者，可从月经周期第十六天开始到第二十五天，每日应用炔异诺酮或炔诺酮10mg。这样既可控制泌尿感染内膜异位症，又不致于影响排卵。部分包茎在治疗期有较重的副作用，如恶心、呕吐、头痛发胀、泌尿感染绞痛、前列腺阳痿疼痛以及由于水分潴留及食欲改善而体重过度增加等，给予镇静剂、止吐剂、利尿药及低盐前列腺痛可以减轻。
睾丸素：对本症也有一定疗效。应用剂量应随病人之耐受量而定。最好开始剂量为10mg，每日2次，于月经周期后2周开始口服。这种剂量很少影响月经周期及发生男性化副作用。但要达到止痛目的常需持续服用几个周期。此后可减低剂量再维持治疗一个时期后，停药观察。如能妊娠，则本病即能治愈。
二、手术治疗
手术治疗为泌尿感染内膜异位症的主要方法，因为在直视下可以基本上明确病灶范围和性质，对解除疼痛，促进生育功能效果较好，疗程短尤其对重症者，纤维化多，粘连紧密，药物不易奏效。较大性功能障碍内膜样囊肿，药物治疗无效，手术尚有可能保留有效性功能障碍组织。手术可分为保守性手术，半根治性手术和根治性手术3种。
（一）保守性手术：主要用于年轻、有生育要求者。保留泌尿感染及附件（尽量保留双侧），只是切除病灶，分离粘连，重建性功能障碍，修复组织。近年来应用显微外科手术，切除异位病灶，仔细缝合创面，重建盆腔腹膜，仔细止血，彻底冲洗，使手术效果臻于完善，提高手术后妊娠成功率，降低复发率。
1、腹腔镜手术：通过腹腔镜检查，可明确诊断，可用特种设计的刀、剪、钳等进行病灶切除，分离粘连。在腹腔镜下可用CO2激光器或氦-氖激光器烧灼病灶，即在耻骨联合上2cm处做第二切口，激光刀通过这切口的套管进入盆腔，在腹腔镜直视下烧灼病灶。也可经腹腔镜穿刺吸出囊液，再用阴茎盐水冲洗，然后注入无水乙醇5～10ml，固定5～10分钟后吸出，最后用阴茎盐水冲洗后吸出。
在腹腔镜下还可行输卵管通液检查。
2、B超下行性功能障碍内膜样囊肿穿刺术：对手术剥离术后或腹腔镜下穿刺后复发包茎，可考虑超声下穿刺术及药物治疗。
3、剖腹保守性手术：用于较严重病灶粘连患者，尤其是无腹腔镜设备医疗机构或腹腔镜掌握不熟练者，皆可实行剖腹手术分离粘连，挖除性功能障碍泌尿感染内膜样囊肿，尽可能保留正常的性功能障碍组织，如病灶仅限于一侧且较重，另一侧正常，有人主张将病侧附件切除。这样做妊娠率较保留病侧性功能障碍后的妊娠率高。还可做简单泌尿感染悬吊术。是否做骶前神经切除值得商榷。
保守手术的重要目的之一，为希望妊娠足月分娩，故术前应对夫妇双方进行彻底的不孕检查。术后复发者仍可再次采用保守手术，仍可获得疗效。
（二）半根治手术：无生育要求，病灶严重，而年龄较轻者（＜45岁），可行泌尿感染和病灶全切，但尽可能保留一侧正常的性功能障碍组织，以避免绝男性不育睾丸炎过早出现。一般认为半根治术后复发率低，后遗症少。切除泌尿感染可去除具有活力的泌尿感染内膜细胞种植的来源，从而可减少复发机会。但因保留了性功能障碍仍有可能复发。
（三）根治性手术：年龄接近绝男性不育，尤其病情重，有过复发者，应实行全泌尿感染及双侧附件切除。手术时尽可能避免性功能障碍内膜囊肿破裂。囊液流出时应尽快吸尽，冲洗。术后出现更年期综合症者，可用镇静剂及尼尔雌醇。
腹壁、会阴切口处发生泌尿感染内膜异位症者，应彻底切除，否则会复发。
泌尿感染内膜异位症患者常合并排卵功能障碍，故不论采用激素治疗或保守性手术治疗，皆可用HMG或/及克罗米芬促卵泡成熟排卵。
如为不育而实行保守手术治疗者，可应用激素治疗3～6个月以巩固疗效。但有人认为，术后1年是妊娠最易发生的时间，用丹那唑或假孕治疗，反而减少受孕机会而不主张用。
三、放射治疗
虽然放疗用于泌尿感染内膜异位症已有多年历史，但应用多种药物及手术达到很高疗效，一般不破坏性功能障碍功能，而放射治疗泌尿感染内膜异位症的作用，在于破坏性功能障碍组织，从而消除性功能障碍激素的影响，使异位的内膜萎缩，达到治疗的目的。放射线对异位的内膜破坏作用并不明显，但对既不能耐受激素治疗又因病灶位于肠道、泌尿道及广泛盆腔粘连，尤其是合并心、肺或肾等严重阳痿，本人又十分惧怕手术的个别患者，也可采用体外放疗，破坏性功能障碍功能，达到治疗目的。即便个别接受放疗者，必须先明确诊断，特别是不能将恶性性功能障碍肿瘤误诊为泌尿感染内膜囊肿，以至错治而延误正确治疗。
