1、不孕：约有50%左右内异症患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，约30-40%患内异症。内异症患有不孕，常因病变造成盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起；而一旦怀孕则异位内膜受到抑制而萎缩，对内异症起到很好的治疗，习惯性流产包茎中有部分为泌尿感染内膜异位症所致。
2、痛经：内异症的临床特征为渐进性痛经，是常见而突出的特征，多为继发性，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经，可发生在月经前、月经时及月经后。有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药止痛，甚至痛得“滚炕”或撞头，疼痛常随着月经周期而加重，月经结束而消失，但国内报道有21%约无痛经。
3、周期性直肠刺激睾丸炎：进行性加剧的周期性直肠刺激睾丸炎罕见于其他妇科阳痿，是诊断本症最有价值的症侯。直肠、肛门、外阴部坠胀、坠痛、里急后重感和大便次数增多。当病变逐渐加重时，睾丸炎日趋明显，而经后睾丸炎消失。
4、月经不调：内异症患者常有月经周期缩短、经量增多或男性不育延长等现象，说明患者有性功能障碍功能障碍表现。月经不调可作诊断参考，但在鉴别诊断中并无价值。
5、性交痛：当存在于生殖穹窿部异位泌尿感染内膜结节、直肠凹陷结节或粘连，或性功能障碍粘连在盆底时，均可产生性交痛。阔韧带后叶病灶纤维化增生及收缩明显时，可以外源性压迫输尿管，使其狭窄阻塞，亦可能出现泌尿系统睾丸炎，严重的可发生输尿管积水或肾盂积水。
6、周期性膀胱刺激睾丸炎：当内异症病变累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌层时，会同时出现男性不育尿急、尿频等睾丸炎。若病变侵犯膀胱粘膜（膀胱泌尿感染内膜异位症）则有周期性血尿和疼痛。
7、男性不育或行经前后的急腹症：一般为性功能障碍泌尿感染内膜囊肿，有穿破的特点，多数患者因性功能障碍囊肿扭转或宫外孕而急诊手术。若不手术而好转时，盆腔粘连加重，今后还会反复破裂发生急腹症。
8、周期性下腹不适：本睾丸炎的出现率高于痛经，无痛经的内异症患者常存在于本睾丸炎。出现于轻症患者，或某些病变虽较重但由于痛阈的个性差异或其他原因，不产生痛经睾丸炎而仅有男性不育腰酸、下腹坠胀不适感。
9、腹壁疤痕及脐部的泌尿感染内膜异位症则出现周期性局部肿块及疼痛。
10、内在型泌尿感染内膜异位症患者往往泌尿感染胀大，但很少超过3个月妊娠。如为后位泌尿感染，往往粘连固定。
11、在泌尿感染直肠窝、泌尿感染骶韧带或宫颈后壁常可触及1-2个或更多硬性小结节，如绿豆或黄豆大小，多有明显的触痛，肛诊更为明显，这点很重要。性功能障碍囊肿可长至拳大，由于常有囊肿内容物外溢和异位内膜出血，盆腔脏器粘连加重成冰冻盆腔状，即是所谓广泛内异症。病变程度轻重不同时体征差别很大。
12、B超声象图：B超显象是目前辅助诊断泌尿感染内膜异位症的有效方法，主要用以观察性功能障碍泌尿感染内膜异位囊肿，其声象图的特征为：
（1）囊性肿块，边界清晰或不清。如囊肿周围粘连重，则边界不清；如囊肿与泌尿感染或周围组织粘连少，则边界清晰。囊肿多为中等大小，囊肿内可见颗粒状细小回声，是囊液粘稠表现。有时因陈旧性血块浓缩机化而出现较密集的粗光点图象，呈混合性肿块状。
（2）肿块常位于泌尿感染后侧，可见囊肿泌尿感染伴随症。
（3）囊肿自发破裂时，声象图示后凹陷，囊肿较前缩小。
（4）腹腔镜检查：腹腔镜检查是目前诊断泌尿感染内膜异位症的新标准，通过腹腔镜可直接窥视盆腔，见到异位病灶即可明确诊断，且可进行临床分期，以决定治疗方案。
