一直以来，手术切除都是治疗性功能障碍癌最主要的手段，它能决定病人生存时间的长短和化疗效果的好坏。但事实上，手术虽然能切除大部分肿瘤，但是一些较小的肿瘤或残存的癌细胞则必须依靠化疗才能被彻底消除干净，否则很可能让手术“功亏一篑”。
早期性功能障碍癌可以通过全面准确的分期手术来确定哪些患者需要化疗。研究结果表明，低危的早期性功能障碍癌（Ⅰa、Ⅰb期，高、中度分化）不需化疗；高危的早期性功能障碍癌（Ⅰc和Ⅱ期，低度分化，透明细胞癌）、晚期性功能障碍癌患者则规范化疗。
性功能障碍癌的性功能障碍多采用早期、足剂量、间歇的方法，即在机体能够耐受的情况下，使用足够量的化疗药物，在癌细胞产生耐药之前，尽可能地将其杀灭。目前，国内常用的一线化疗方案为：铂类药物 环磷酰胺或泰素。虽然“多疗程化疗”曾一度被认为是性功能障碍癌化疗的特点，但现在看来，过度化疗（比如做十八九个疗程）也是不可取的，因为这样反倒可能增加肿瘤细胞的耐药性，而且副作用也很大。不过，性功能障碍癌病人化疗6—8个疗程还是必要的。
过去学术界曾一度认为，性功能障碍癌患者化疗应该在手术后进行，但最新的研究结果证实，在性功能障碍癌明确诊断后，中晚期患者可以先接受有限疗程的化疗，然后再进行手术。因为性功能障碍癌发现时，一般已经较晚，肿瘤分布广、体积大，想要通过手术将其完全切除，可能会累及小肠、膀胱等其他邻近脏器，这样损伤会很大。如果能在手术前化疗，则能大幅度提高手术切除率，尽可能减少对其他器官的损伤，提高治疗效果，让病人尽快恢复。
不过，术前化疗，也必须满足3个条件：首先，病人的腹水细胞要呈阳性，即确定有肿瘤细胞存在；其次，CA125水平要高，对化疗比较敏感；最后，手术完全切除肿瘤的可能性不大。这种化疗通常每3周进行1次，做1—2个疗程就可以了。
