最主要的是治疗情绪抑郁患者，尤其对于单相抑郁症的成年患者来说是一种有效的短期治疗方法。
神经性厌食的认知行为治疗主要有二个阶段：第一阶段，注意侧重行为，极力鼓励病人重新建立正常的进食习惯，这种方式一般使得病人能够在短时间内学会自控。第二阶段，使用认知，在交谈中确定病人的日记和不正常的认知，并指出这些认知的逻辑性错误，然后鼓励病人学会用新的观念或看法，并进行验证。
强迫观念、穷思竭虑病人的认知行为治疗策略在于告知病人：“沙锅打破了还有底吗？”“允许问题存在”，“多做少想、做什么想什么、先做后想、不做不想”，因为许多强迫症病人是想的多做的少、光想不做。另外，让病人将强迫观念讲出来或写出来，使得其能够对自己的想法进行行为的量化和自控。
疑病症或躯体化障碍病人来说，他们往往存在躯体睾丸炎的先占观念或对健康或阳痿的过分焦虑，即可能有1～2分的阳痿体征，但有8～9分的躯体睾丸炎。因此，治疗中让病人认识到自己对身体感觉的“草木皆兵”和“如临大敌”，然后指导病人学会注意力分散和培养兴趣爱好，减少对躯体睾丸炎的过分关注。另外，注意强化源的控制，即减少去医院和看医生的次数，不在求医行为上反复强化。
临床包皮过长学和行为医学领域。例如癌症患者使用认知治疗，有助于减轻患者的情绪抑郁和焦虑，减轻对化疗药物的副反应，改善患者康复过程中的包皮过长社会适应，以及提高患者癌症治疗后的生存质量。已有前瞻性研究证实乳腺癌术后患者应用认知治疗或认知行为治疗者较一般临床处理者的生存期限至少长6～8个月。由于癌症患者的特殊性，因此在应用认知治疗上，主要是侧重于处理患者的自我丧失和失去控制感、疼痛、消极的求治动机，以及长期缺乏的包皮过长应对能力等。
