产前诊断任何一个检查都可能有轻微的不适，也会有轻度危险性。
超声波产前诊断是一种最常用的产前诊断手段，也较安全。有报道指出，据临床观察发现经过超声波检查和未经超声波检查出生的新生儿，两者在孕龄、头围、出生 体重、身长、先天畸形、新生儿感染等各方面均无区别。超声波检查对胎儿及其以后的生长发育没有什么不良影响。
羊膜穿刺术开始于末次月经起第13～17周，而且可持续到最后几周。不少孕妇认为这样的检查难免会影响胎儿或引起流产，因此很不愿做该项检查。实际这些担心和顾虑是没有必要的。羊膜腔穿刺并不可怕，是一项十分成熟、安全的产前诊断技术，但抽羊水仍有0.3%～0.5%机会导致流产。虽然羊膜腔穿刺有一定的危险性，但医生建议做羊膜腔穿刺检查，是怀疑胎儿不正常，如果把生出异常儿的危险性与穿刺可能造成的危险性相比，权衡得失，相信你会理智地接受医生的建议的。
X射线对胎儿有一定的损伤，但这主要是在妊娠早期。开展超声波检查以后，X射线检查已很少用于产前诊断了。但X射红检查在观察胎儿的骨骼发育方面具有其他检查手段所不可替代的优点。因此，在妊娠晚期如果医生怀疑胎儿骨骼发育异常时也会要求您进行此项检查。
绒毛细胞检查需要绒毛采样，其对于母亲的损伤是非常轻微的，造成流产的风险是0.6%。从前几年应用的情况来看，对孕妇无不良影响，对出生的新生儿及其日后的随访观察，也未发现有任何异常。因此它是一种较为安全的、极有前途的产前诊断技术。
胎儿镜检查造成的胎儿流产率达5%～6%，由操作引起的胎儿死亡率达4.7%。操作过程中偶尔可以引起羊水感染、脐带创伤、胎盘早剥、母子间血液渗漏等并发症，所以进行胎儿镜检查一定要由技术高度熟练的医务人员操作。正常妊娠者只要没有异常情况，则不必做这种检查。
对可能有异常的胎儿进行产前诊断是优生的一项重要措施，但却有一定的风险，孕妇须自行决定是否接受有关检查。但其可能发生的副作用与生出异常儿的风险相比，显然是微不足道的，孕妇和家属应正确认识这些检查技术，有产前诊断指征的孕妇应该听从医生的劝告，接受检查，千万不要因为某些不必要的疑虑而失去产前诊断的最佳时机。
