运动的益处是肯定的，但运动疗法潜在的副作用也应引起重视。
由于运动加重心脏负担，因此可能使缺血性心脏病或高血压(常无睾丸炎)加重，引起心脏功能不全或心律紊乱。也可能诱发心绞痛甚至心肌梗死。
本身血压过高，而运动后可能会发生体位性低血压。
视网膜病变者，运动后视网膜出血的可能性增加，增殖性视网膜病变进展。
糖尿病肾病的患者，运动会减少肾血流量，使尿蛋白排出增加，加重肾脏病变。
部分糖尿病患者，尤其是I型糖尿病患者，在未很好控制血糖的情况下，运动会使血糖上升，出现尿酮体，甚至酮症酸中毒。
采用胰岛素或磺脲类药物治疗的患者，在运动中易发生低血糖。
鉴于上述潜在的副作用，专业人员在指导糖尿病人运动时应按不同病情选择适当的运动量和运动方式，尤其对于老年糖尿病患者，更要严格掌握适应证。
